En 1958, André Chouraqui s'installe en Israël et, en 1965, est élu vice-maire de Jérusalem.

En 1987, paraît chez Desclée De Brouwer sa traduction de la Bible à partir de la Bible dite massorétique, d'abord publiée par volumes à partir des années 1970. Marc Leboucher, qui fut le premier à éditer ce texte en France estime qu'André Chouraqui a adopté dans son travail « un parti pris révolutionnaire, qui a permis de redécouvrir des textes que l'on croyait usés » et qu'« il a surtout mis en lumière l'importance des racines juives du christianisme et rappelé que Jésus appartenait au peuple juif. »

En 1990, il publie une traduction du Coran.

Secrétaire général adjoint de l'Alliance israélite universelle (1947-1953), André Chouraqui en deviendra le délégué permanent, sous la présidence de René Cassin (1887/1976). Il fut également président de l'Alliance française de Jérusalem.

En février 1990, est publié L'Amour fort comme la Mort, autobiographie d'André Chouraqui qui sera ultra-médiatisée et se vendra immédiatement à plus de 100 000 exemplaires. La même année il publie chez le même éditeur sa traduction du Coran (texte et commentaires) et rencontre le Dalaï Lama.

Il était membre du comité de parrainage de la Coordination française pour la Décennie de la culture de paix et de non-violence.

Sa seconde épouse Annette est la fille du pédiatre Gaston Lévy.

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